Diferenta cheie dintre profilarea polizomilor și profilarea ribozomului este că profilarea polizomilor analizează comportamentul ribozomului folosind atât ribozomi, cât și ARNm (polizom) în timpul translației, în timp ce profilarea ribozomilor analizează comportamentul ribozomului numai folosind secvența ARNm în timpul translației.
Traducerea este a doua fază a sintezei proteinelor care transformă informația din ARNm într-o secvență de aminoacizi. Translatomica este un studiu al ORF-urilor (cadre de citire deschise) care sunt traduse activ într-o celulă a unui organism. Tehnicile de profilare a polizomilor și a ribozomilor sunt două tipuri de tehnici în domeniul biologiei moleculare pentru a evalua și deduce parametri diferiți în contextul analizei translatomului.
Ce este Polysome Profiling?
Profilarea polizomilor este o tehnică care deduce statutul translației unui ARNm specific prin analizarea comportamentului atât al ribozomului, cât și al ARNm (polizom). Cu alte cuvinte, această tehnică oferă date și concluzii privind asocierea ARNm cu ribozomi. Polizomul se referă la grupul de ribozomi legați la un ARNm care este prezent în timpul fazei de alungire a translației.
Figura 01: Profilarea polizomilor
Profilarea polizomului necesită lizat de celule, care este apoi centrifugat. Proba centrifugată este apoi separată în funcție de densitățile lor pentru a caracteriza subunitățile mici și mari ale ribozomilor și ARNm-ul corespunzător implicat în formarea polizomului. Mai mult, procesul implică și măsurarea densității optice. Experții sunt obligați să efectueze profilarea polizomilor.
Tehnica de profilare a polizomilor este un instrument important pentru multe aplicații. Oamenii de știință folosesc această tehnică pentru a studia gradul de translație în celule. Mai precis, este un instrument care oferă informații precise despre studiul proteinelor individuale și al ARNm-urilor specifice ale acestora. În contextul studierii gradului de traducere a unui anumit ARNm, tehnica de profilare a polizomilor este vitală. Aici, secvențele 3’ și 5’ ale unui ARNm pot fi investigate cu referire la efectele lor asupra cantității de ARNm produsă și a nivelului de traducere.
Ce este profilarea ribozomilor?
Profilarea ribozomului este o tehnică care analizează comportamentul ribozomului în raport cu ARNm-ul său în timpul translației. Această tehnică a fost găsită și dezvoltată de Joan Steitz și Marilyn Kozak. Mai târziu, această tehnologie a fost dezvoltată în continuare de doi oameni de știință, Nicholas și Jonathan, în combinație cu secvențierea de ultimă generație, ceea ce a condus la dezvoltarea diferitelor tehnici înrudite, cum ar fi metodologia Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP).
Figura 02: Secvențierea ribozomilor
Procedura de profilare a ribozomilor implică izolarea ARNm, îndepărtarea ARN-ului care nu este legat de ribozomi și separarea ARNm legat de ribozomi. În urma acestei proceduri, izolatul de ARNm este transcris invers și are loc sinteza ADNc. În cele din urmă, datele de secvență pot fi aliniate cu profilul translațional pentru a deduce caracteristicile comportamentului ribozomului în raport cu ARNm.
Profilarea ribozomilor ajută mulți cercetători să identifice și să deducă locația site-urilor de început ale traducerii, complementul cadrelor deschise de citire traduse (ORF) într-o celulă sau un țesut, distribuția ribozomilor pe ARNm și rata de ribozomi de traducere. Profilarea ribozomilor este cunoscută și sub denumirea de amprenta ribozomilor sau Ribo Seq.
Care sunt asemănările dintre profilarea polizomilor și profilarea ribozomilor?
- Profilarea polizomilor și ribozomilor sunt tehnici biologice moleculare importante în cercetare.
- Oferă informații despre procesul de traducere.
- Ambele procese de profilare furnizează date prin analiza traducerii.
- Experți profesioniști sunt necesari pentru a efectua ambele tehnici pentru rezultate precise.
- Instrumentele bioinformatice joacă un rol important în ambele tehnici.
Care este diferența dintre profilarea polizomilor și profilarea ribozomilor?
Profilarea polizomilor analizează comportamentul ribozomului folosind atât ribozom, cât și ARNm (polizom) în timpul translației, în timp ce profilarea ribozomului analizează comportamentul ribozomului numai folosind secvența ARNm în timpul translației. Astfel, aceasta este diferența cheie între profilarea polizomilor și profilarea ribozomilor. Mai mult, profilarea polizomilor implică tehnici precum centrifugarea gradientului de densitate și măsurătorile densității optice, în timp ce profilarea ribozomilor implică tehnici de extracție și secvențiere a ARNm. De asemenea, profilarea ribozomilor este mai precisă decât profilarea polizomilor.
Infografia de mai jos prezintă diferențele dintre profilarea polizomilor și a ribozomilor în formă tabelară pentru comparare una lângă alta.
Rezumat – Profilarea polizomilor vs Profilarea ribozomilor
Traducerea este a doua fază a sintezei proteinelor care implică conversia informațiilor din secvența ARNm într-o secvență de aminoacizi. Acest proces necesită un șablon ARNm, ribozomi, aminoacizi, ARNt și alți factori. Profilarea polizomilor și ribozomilor sunt două tehnici moleculare. Profilarea polizomilor analizează comportamentul ribozomului utilizând atât ribozom, cât și ARNm (polizom) în timpul translației, în timp ce profilarea ribozomului analizează comportamentul ribozomului numai folosind secvența ARNm în timpul translației. Profilarea polizomilor implică tehnici precum centrifugarea gradientului de densitate și măsurătorile densității optice. Profilarea ribozomilor implică tehnici precum extracția ARNm, sinteza ADNc și secvențierea. Deci, aceasta rezumă diferența dintre profilarea polizomilor și profilarea ribozomilor.
