Diferența cheie dintre CDS și ORF este că CDS este acea secvență reală de nucleotide a unei gene care se traduce într-o proteină, în timp ce ORF este o întindere a secvenței ADN care începe cu locul de inițiere a translației (codonul de pornire) și se termină cu un site-ul de terminare a traducerii (codon stop).
O genă are o secvență de codificare (CDS). Este format din exoni totali ai genei și un codon de start și un codon de stop. Este partea reală a genei care traduce și produce proteina. Cadrul de citire deschis sau ORF este o secvență de nucleotide situată între un codon de început și un codon de oprire. Nu există niciun codon stop în interiorul unui ORF care să întrerupă codul genetic care se traduce într-o proteină. La procariote, CDS și ORF ale unei gene sunt aceleași.
Ce este CDS?
CDS sau secvența de codificare este partea genei care se traduce de fapt într-o proteină. Este alcătuit din exoni și doi codoni cunoscuți ca codon AUG și codon stop. CDS nu conține două regiuni UnTranslated: 5’ UTR și 3” UTR. În plus, intronii nu sunt incluși în CDS.
Figura 01: Secvența de codare
În comparație cu întregul genom al unui individ, secvențele de codare sunt o mică parte. Secvența de codificare constă din secvența de nucleotide necesară pentru a face secvența de aminoacizi a proteinei. Prin urmare, CDS sunt exoni concentrați care pot fi împărțiți în tripleți de nucleotide sau codoni. Codonii dau naștere la aminoacizi.
Ce este un ORF?
Cadru de citire deschis sau ORF este întinderea continuă a unei secvențe de nucleotide care începe cu un codon de început și se termină cu un codon de oprire. Cu cuvinte simple, ORF se referă la regiunea secvenței de nucleotide situată între codonii de pornire și oprire. Între timp, nu există niciun codon de oprire care să întrerupă ORF. Secvența de nucleotide dintre codonul de pornire și de oprire codifică pentru aminoacizi. În general, codonul de pornire este ATG, în timp ce codonii de oprire sunt TAG, TAA și TGA. ORF oferă o proteină funcțională atunci când este transcris și tradus. Prin urmare, ORF include un codon de început, mai mulți codon în regiunea mijlocie și un codon de oprire. Interesant, ORF are o lungime care poate fi împărțită la trei.
Figura 02: Cadrul de citire deschis
La procariote, deoarece nu există introni, ORF este secvența de codificare a unei gene care se transcrie direct în ARNm. Prin urmare, CDS și PRF sunt aceleași la procariote. Când căutați gene în procariote, este ușor să detectați un ORF și să găsiți o genă în procariote. La eucariote, deoarece există introni, ORF este secvența de codoni care se formează după procesare sau splicing ARN. ORF este o dovadă care ajută la predicția genelor, atâta timp cât ORF este probabil să facă parte dintr-o genă.
Care sunt asemănările dintre CDS și ORF?
- La procariote, CDS și ORF sunt aceleași.
- Ambele au codon de pornire și codon de oprire.
- Au un număr de nucleotide care pot fi împărțite la trei.
- Odată ce se traduc, produc secvențe de aminoacizi.
Care este diferența dintre CDS și ORF?
CDS este partea reală a genei care se traduce într-o proteină, în timp ce ORF este întinderea ADN-ului dintre un codon de pornire și un codon de oprire. Deci, aceasta este diferența cheie dintre CDS și ORF. În plus, CDS nu conține introni, dar ORF poate conține introni. CDS se transcrie complet într-o secvență de ARNm completă, în timp ce ORF poate fi o parte a secvenței de ARNm. Astfel, aceasta este o altă diferență între CDS și ORF.
Mai jos infograficul prezintă una lângă alta diferențele dintre CDS și ORF.
Rezumat – CDS vs ORF
CDS și ORF sunt două părți importante ale unei gene. CDS se referă la regiunea reală a ADN-ului care se traduce într-o proteină. ORF este o secvență de ADN care începe cu codonul de început „ATG” și se termină cu oricare dintre cei trei codoni de terminare (TAA, TAG sau TGA). ORF poate fi o parte a ARNm complet al unei gene. Cu toate acestea, secvența de codificare a unei gene se transcrie în secvența completă de ARNm. Toate CDS-urile sunt ORF-uri. Dar nu toate ORF-urile sunt CDS-uri. Astfel, aceasta rezumă diferența dintre CDS și ORF.
