Diferența cheie dintre LINE și SINE este că LINE-urile (elementele nucleare lungi intercalate) sunt un tip de retrotranspozoni non-LTR mai lungi, în timp ce SINE-urile (elementele nucleare scurte intercalate) sunt un tip de retrotranspozoni non-LTR mult mai scurti.
Retrotranspozonii non-LTR nu conțin repetări terminale lungi (LTR). Cu toate acestea, ele conțin gene pentru transcriptază inversă, proteină de legare a ARN, nuclează și domeniul ribonucleazei H. Retrotranspozonii non-LTR au repetări scurte. Aceste repetări au o ordine inversă a bazelor una lângă alta. În afară de aceasta, retrotransposonii non-LTR au și repetări directe găsite în transpozonii LRT. Retrotranspozonii non-LTR se împart în două categorii ca LINE și SINE.
Ce sunt liniile?
LINE (elemente nucleare lungi intercalate) sunt retrotranspozoni non-LTR mai lungi. Ele sunt răspândite în genomul eucariotelor. Ele reprezintă de obicei 21,1% din genomul uman. Fiecare LINE are o lungime de aproximativ 7000 de perechi de baze. LINE-urile se pot transcrie în ARNm și se pot traduce într-o proteină care poate funcționa ca o enzimă de revers transcriptază. Această transcriptază inversă produce copii ADN ale ARN-ului LINE. Aceste copii ADN pot fi integrate în genom pe un nou site.
Figura 01: LINII și SINE
Genomul uman are o singură LINIE abundentă numită LINE-1. Elementul LINE-1 are o lungime de aproximativ 6000 de perechi de baze. Există aproximativ 100.000 de elemente LINE-1 trunchiate în genomul uman. Mutația aleatoare poate apărea în LINE. Datorită mutațiilor aleatoare, LINE-urile pot degenera. Ele nu mai sunt transcrise sau traduse. În plus, LINE-urile sunt grupate în cinci grupuri principale, cum ar fi L1, RTE, R2, I și jockey. Aceste cinci grupuri se subdivid în alte 28 de clade.
LINE-urile sunt în mod normal propagate printr-un mecanism numit mecanism de transcriere inversă țintă (TPRT). Inserarea LINE-urilor provoacă boli umane precum hemofilia A, cancerul, tulburările mendeliane etc. Hipometilarea LINE-urilor declanșează, de asemenea, anumite tipuri de cancer.
Ce sunt SINE-urile?
SINE (elemente nucleare intercalate scurte) sunt un tip de retrotranspozoni mult mai scurti non-LTR. Au aproximativ 100 până la 700 de perechi de baze în lungime. SINE-urile sunt, de asemenea, elemente ADN care se amplifică prin genomurile eucariote prin intermediari ARN. SINE reprezintă aproximativ 13% din genomul mamiferelor. Regiunile interne ale SINE-urilor provin din ARNt. Rămâne foarte conservat. Ele sunt adesea prezente la multe specii de vertebrate și nevertebrate. Variația numărului de copii și mutațiile din SINE pot fi încorporate pentru a construi clasificarea speciilor bazată pe filogenie.
SINE pot fi grupate în trei tipuri principale: CORE-SINE, V-SINE și AmnSINE. Elementul Alu este cel mai comun SINE la primate. Mai mult, există peste 50 de boli umane asociate cu inserarea SINE-urilor. Când se introduc în interiorul sau în apropierea exonilor, pot provoca îmbinări necorespunzătoare sau pot schimba cadrul de citire. Acest lucru duce la fenotipuri de boli precum cancerul de sân, cancerul de colon, leucemia, hemofilia, fibroza chistică, cancerul de colon, boala Dent, neurofibromatoza etc.
Care sunt asemănările dintre LINE-uri și SINE-uri?
- LINE și SINE sunt două tipuri de retrotranspozoni non-LTR.
- Ambele nu au regiuni terminale lungi (LTR).
- Ambele se găsesc predominant numai la eucariote.
- Amândoi sunt neautonomi.
Care este diferența dintre LINE-uri și SINE-uri?
LINE sunt retrotranspozoni non-LTR mai lungi, în timp ce SINE sunt retrotranspozoni non-LTR mult mai scurti. Deci, aceasta este diferența cheie dintre LINE și SINE. Mai mult, LINES codifică pentru enzima de revers transcriptază, în timp ce SINE nu codifică pentru enzima de revers transcriptază. Astfel, aceasta este o altă diferență între LINE și SINE.
Mai multe diferențe între LINE-uri și SINE-uri sunt enumerate mai jos în formă tabelară pentru comparație una lângă alta.
Rezumat – LINEs vs SINEs
Retrotranspozonii se găsesc în principal la toate eucariotele, dar absenți la procariote. Aproximativ, 37% din genomul uman conține retrotranspozoni. Retrotranspozonii sunt în principal două tipuri: retrotranspozoni LTR și non-LTR. Retrotranspozonii non-LTR nu conțin repetări terminale lungi (LTR), care sunt prezenți în retrotranspozonii LTR. Retrotranspozonii non-LTR sunt împărțiți în continuare în două categorii: LINE și SINE. LINE-urile sunt retrotranspozoni non-LTR mai lungi, în timp ce SINE-urile sunt retrotranspozoni non-LTR mult mai scurti. Astfel, acesta este rezumatul diferenței dintre LINE și SINE.
