Diferența cheie dintre secvențierea ierarhică și a genomului întreg este că, în secvențierea ierarhică a puștilor, genomul este rupt în fragmente mai mari înainte de secvențiere, în timp ce, în secvențierea genomului întreg, întregul genom este rupt în fragmente mici pentru secvențiere.
Secvențierea este o tehnică importantă în procesele moleculare, în special în identificarea precisă a speciilor. De fapt, este tehnica de identificare a ordinii precise a nucleotidelor dintr-o genă sau dintr-un genom. Există multe tehnici de secvențiere. Unele dintre acestea includ Metoda Maxam Gilbert, Metoda Sanger și metoda Sanger automatizată.
Ce este secvențierea ierarhică a puștilor?
Secvențierea ierarhică Shotgun este o metodă de secvențiere. Se mai numește și „secvențiere de sus în jos”. În plus, această metodă constă din două etape: primul pas este amplificarea genomului, iar al doilea pas este fragmentarea genomului. În această metodă, genomul este mai întâi tăiat în fragmente mari. Este urmată de donarea acestor fragmente mari în diverse gazde folosind vectori sau cromozomi artificiali. Apoi, acești vectori recombinanți sunt aranjați într-o bibliotecă. În timpul secvențierii pușcă, clonele de vector recombinant sunt supuse secvențierii individual. Fragmentele din clone suferă digestie restrictivă pentru a reduce și mai mult dimensiunea genomului, fiind astfel supuse secvențierii.
Figura 01: Secvențierea ierarhică a puștilor
În timpul secvențierii ierarhice a puștilor, bucățile mari de fragmente trebuie aranjate în ordine, înainte de secvențierea puștilor. Are loc cu ajutorul markerilor moleculari care sunt încorporați în timpul procesului de clonare.
Secvențierea ierarhică a puștilor creează o hartă a genelor cu rezoluție scăzută. Dar creează o hartă a secvenței ordonate. Astfel, este nevoie de o durată mai mare decât secvențierea directă. Întregul proces întârzie din cauza creării unei biblioteci de vectori recombinanți. Este, de asemenea, o tehnică intensivă de muncă. Cu toate acestea, în prezent, tehnica este automatizată pentru a ușura munca.
Ce este secvențierea întregului genom Shotgun?
Secvențierea genomului întreg este un proces de secvențiere într-o singură etapă. În acest proces, întreaga forfecare a genomului are loc mai întâi. După aceasta, fiecare dintre aceste fragmente mici este supus unei secvențieri aleatoriu. După finalizarea secvențialării, are loc analiza secvențelor. În timpul analizei secvențelor, secvențele care se suprapun sunt eliminate, iar analiza nu este un proces ordonat. Prin urmare, asamblarea secvențelor este un proces mai puțin eficient în comparație cu secvențierea ierarhică a puștilor. Cu toate acestea, procesul de secvențiere a întregului genom este mai rapid, iar analiza întregului genom poate avea loc la o singură instanță.
Care sunt asemănările dintre secvențierea ierarhică și cea a genomului întreg?
- Secvențierea ierarhică și a genomului întreg sunt două abordări de secvențiere.
- Ambele sunt supuse unor metode de secvențiere Sanger sau automate de secvențiere Sanger.
- Sunt implicați în secvențierea fragmentelor de ADN și ARN.
- În plus, ambele metode sunt importante în diagnosticarea moleculară și în scopuri de cercetare.
- În prezent, ambele tehnici sunt automate sau bazate pe computer.
- Ambele tehnici se bazează pe fragmentarea genomului.
Care este diferența dintre secvențierea ierarhică și a genomului întreg?
Secvențierea ierarhică a puștilor generează fragmente de dimensiuni mai mari în comparație cu secvențierea puștilor cu genom întreg, care funcționează cu fragmente mici de secvențe. Deci, aceasta este diferența cheie dintre secvențierea ierarhică și a genomului întreg. În plus, secvențierea ierarhică a puștilor constă din două etape majore, în timp ce secvențierea întregului genom se bazează pe un singur pas major.
În plus, o altă diferență între secvențierea ierarhică și cea a genomului întreg este că rezoluția este mai mare în secvențierea puștilor cu genom întreg în comparație cu secvențierea ierarhică a puștilor.
Infografia de mai jos rezumă diferența dintre secvențierea ierarhică și a genomului întreg.
Rezumat – Secvențierea puștilor ierarhice versus întregul genom
Secvențierea ierarhică și a genomului întreg sunt două tehnici de secvențiere a genomilor mari. Secvența ierarhică de pușcă este un proces în două etape de secvențiere în care genomul este rupt în fragmente mai mari. Spre deosebire de aceasta, secvențierea întregului genom este o secvențiere într-o singură etapă în care genomul este rupt în fragmente mici și secvențiat direct. Astfel, aceasta este diferența cheie între secvențierea ierarhică și a genomului întreg. În plus, aspectele tehnice pot varia între cele două tehnici.
