Diferența cheie – Exom vs secvențierea ARN
Secvențierea acidului nucleic este tehnica care determină ordinea nucleotidelor dintr-un anumit fragment de ADN sau ARN al unui organism. Secvențierea este importantă în identificarea componenței ADN și ARN a celulei și distingerea anumitor gene care codifică proteine funcționale; astfel, secvențierea poate fi utilizată pentru a înțelege mutațiile acestor gene și expresiile genice. Metoda de secvențiere Sanger sau metodele de secvențiere mai avansate de generația următoare sunt metodele de secvențiere care sunt utilizate în mod obișnuit. Secvențierea exomului este secvențierea setului complet de exoni sau regiuni codificatoare ADN prezente într-un organism, în timp ce secvențierea ARN este procedura de secvențiere a acizilor ribonucleici (ARN). Aceasta este diferența cheie dintre exom și secvențierea ARN.
Ce este secvențierea Exome?
Exomul este un subset al genomului care constă din genele de codificare ale unui anumit organism. Genele codificatoare sunt denumite exoni și sunt transcrise în ARNm și apoi traduse în secvențe de aminoacizi. În timpul modificărilor posttranscripționale, mecanismul de îmbinare a ARN-ului la eucariote îndepărtează intronii (regiunile necodante), iar exonii rămân. Există două tehnici principale în care se realizează secvențierea exomului: bazată pe soluție și bazată pe matrice.
În secvențierea exomului pe bază de soluție, probele de ADN sunt fragmentate folosind fie enzime de restricție, fie metoda mecanică și denaturate prin căldură. În această tehnică, sonde de oligonucleotide biotinilate (momeli) sunt utilizate pentru a hibridiza selectiv cu regiunile țintă din genom. Mărgele magnetice de streptavidină sunt utilizate pentru etapa de legare. Legarea este urmată de o etapă de spălare în care secvențele nelegate și nețintite sunt spălate. Țintele legate sunt apoi amplificate folosind reacția în lanț a polimerazei (PCR) și apoi sunt secvențiate folosind secvențierea Sanger sau tehnicile de secvențiere de generație următoare.
Figura 01: Secvențierea exomului
Metoda bazată pe matrice este, de asemenea, similară cu metoda bazată pe soluție, cu excepția faptului că fragmentele de ADN sunt capturate într-o micromatrice, iar apoi urmează etapele de legare și de spălare înainte de a fi secvențiate.
Secvențierea exomului este folosită în multe aplicații, cum ar fi diagnosticul genetic al bolilor, în terapia genică, în identificarea de noi markeri genetici, în agricultură pentru a identifica diferite trăsături agronomice benefice și în procedurile de ameliorare a plantelor.
Ce este secvențierea ARN?
Secvențierea ARN se bazează pe transcriptom, care este transcrierile complete ale celulei. Obiectivele cheie ale secvențierii ARN sunt de a cataloga toate speciile de transcript, inclusiv ARNm, ARN necodant și ARN mic, pentru a determina structura transcripțională a genelor și pentru a cuantifica nivelurile de expresie ale fiecărui transcript în timpul dezvoltării. În timpul secvențierii ARN, tehnologiile de hibridizare (care au fost ADN complementar derivat din secvențe de ARNm mature) au fost utilizate inițial pentru secvențiere. În prezent, pentru secvențierea ARN este utilizată o tehnică de transfer mai precisă și mai avansată.
Figura 02: Secvențierea ARN
În secvențierea ARN, o probă de ARN care poate fi ARN total sau ARN fracționat este convertită în ADN-ul său complementar (ADNc) folosind transcripția inversă și se prepară o bibliotecă de ADNc. Fiecare fragment de ADNc este atașat la adaptoare pe ambele părți (secvențierea finală a perechii) sau pe o parte (secvențierea cu un singur capăt). Aceste secvențe etichetate sunt secvențiate folosind secvențierea Sanger sau generația următoare, cum ar fi secvențierea exomului.
Care sunt asemănările dintre exom și secvențierea ARN?
- Fragmentele scurte selectate sau întregul set de ADN/ARN pot fi folosite pentru secvențierea exomului sau ARN.
- Fragmentele secvențiate sunt păstrate în biblioteci.
- Se poate folosi Secvențierea Sanger sau Next Generation.
- Ambele sunt metode de secvențiere in vitro.
- Fragmentele secvențiate pot fi determinate prin etichete fluorescente.
Care este diferența dintre exom și secvențierea ARN?
Exome vs secvențierea ARN |
|
| Secvențierea exomului este secvențierea setului complet de exoni sau a regiunilor ADN care codifică prezente într-un organism. | Secvențierea ARN se referă la procedura de secvențiere a acizilor ribonucleici (ARN); transcriptomul. |
| Eșantion de început | |
| ADN-ul genomic este proba de pornire a secvențierii exomului. | ARN este eșantionul de început al secvențierii ARN. |
| Compoziție | |
| Acesta conține doar regiuni de codificare ale ADN-ului total cunoscut sub numele de exoni | Acesta conține ARN-ARNm/transcriptom. |
| Secvențiere | |
| Există două metode principale de secvențiere a exomului; tehnologii bazate pe soluții și matrice. | Secvențierea ARN se realizează prin prepararea unei biblioteci de ADNc prin extragerea ARN-ului total sau a ARN-ului fragmentat. |
Rezumat – Exom vs secvențierea ARN
Exome este setul complet de regiuni de codificare ale unui organism, iar tehnicile implicate în determinarea ordinii exacte a nucleotidelor exomului sunt cunoscute sub denumirea de secvențiere a exomului. Secvențierea ARN este tehnica implicată în determinarea ordinii nucleotidelor ARN-ului unui organism. Aceasta este diferența dintre exom și secvențierea ARN.
Descărcați versiunea PDF a Exome vs ARN Sequencing
Puteți descărca versiunea PDF a acestui articol și o puteți utiliza în scopuri offline, conform nota de citare. Vă rugăm să descărcați versiunea PDF aici Diferența dintre exom și secvențierea ARN
