Diferența cheie – AFLP vs RFLP
Studiile ADN au o importanță imensă în înțelegerea și determinarea relațiilor filogenetice, diagnosticarea bolilor genetice și cartografierea genomului organismului. Mai multe tehnici asociate cu analiza ADN-ului sunt, de asemenea, utilizate pentru identificarea unei anumite gene sau a unei secvențe de ADN într-un grup de ADN necunoscut. Sunt cunoscuți ca markeri moleculari. Polimorfismul cu lungimea fragmentului amplificat (AFLP) și polimorfismul cu lungimea fragmentului de restricție (RFLP) sunt doi astfel de markeri moleculari (metode) dezvoltați în biologia moleculară pentru a detecta variația genetică între organisme. Ambele metode sunt la fel de importante și au avantaje și dezavantaje. Diferența cheie dintre AFLP și RFLP este că AFLP implică amplificarea selectivă prin PCR a ADN-ului digerat, în timp ce RFLP nu implică amplificarea selectivă prin PCR a fragmentelor de ADN.
Ce este AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) este un instrument important în biologia moleculară și este utilizat pe scară largă în analiza variațiilor genetice. AFLP se bazează pe amplificarea specifică PCR a ADN-ului genomic fragmentat și pe detectarea polimorfismului prin autoradiografii prin electroforeză pe gel. AFLP contribuie pe scară largă la identificarea diferențelor genetice în tulpini sau specii strâns înrudite din diferite regate, inclusiv plante, animale, bacterii și ciuperci. AFLP poate fi efectuată cu cantități mici de probe de ADN necunoscute. Nu necesită cunoștințe anterioare de secvență și proiectarea sondelor.
Pași de AFLP
- Izolarea ADN
- Digestia ADN-ului cu endonucleaze de restricție
- Ligarea fragmentelor ADN restricționate cu adaptoare
- Amplificarea selectivă a fragmentelor cu anumite site-uri de restricție
- Separarea produselor PCR prin electroforeză pe gel
- Vizualizarea matricei de gel prin autoradiografie
AFLP este o metodă mai sensibilă și mai reproductibilă, care poate fi utilizată în profilarea ADN-ului mai multor taxoni, inclusiv ciuperci, bacterii, plante și animale, fără cunoștințe prealabile despre secvențele ADN. Ajută la identificarea diferențelor ușoare între indivizii din populații datorită naturii sale extrem de sensibile. AFLP este, de asemenea, important în cartografierea genomului, studiile criminalistice, testarea parentală, genotiparea etc.
Figura 01: AFLP
Ce este RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP) este o tehnică care este utilizată pentru a detecta variațiile genetice ale secvențelor de ADN omoloage. Este prima metodă dezvoltată pentru profilarea ADN-ului. Organismele au amprente ADN sau profiluri ADN unice. RFLP servește ca un instrument important pentru a analiza variația dintre profilurile ADN ale organismelor intraspecifice sau strâns înrudite, deoarece secvențele omoloage au diferite locuri de restricție (locații) care sunt unice pentru un anumit organism. Când ADN-ul omolog este digerat cu endonucleaze de restricție specifice, va avea ca rezultat profiluri ADN diferite care sunt unice pentru fiecare individ. Prin urmare, principalul acestei metode este detectarea variației genetice între organisme prin restrângerea ADN-ului omolog cu enzime de restricție specifice și analiza polimorfismului lungimii fragmentului prin electroforeză și blotting pe gel. Modelele de blotting sunt unice pentru fiecare organism și caracterizează genotipurile specifice.
pași de RFLP
- Izolarea unei cantități suficiente de ADN din probe
- Fragmentarea probelor de ADN cu endonucleaze de restricție specifice în secvență scurtă
- Separarea fragmentelor rezultate cu lungimi diferite prin electroforeză pe gel de agaroză.
- Transferul profilului de gel într-o membrană prin Southern blot
- Hibridizarea membranei cu sonde marcate și analiza polimorfismului lungimii fragmentului în fiecare profil
RFLP este o tehnică foarte importantă în detectarea moștenirii bolii și în găsirea riscului de apariție a bolii în rândul membrilor familiei. RFLP este, de asemenea, folosit frecvent în cartografierea genomului, identificarea criminalilor în criminalistică, testarea paternității etc. RFLP are și câteva limitări. RFLP necesită cunoștințe prealabile despre datele secvenței pentru a proiecta sonde pentru hibridizare. De asemenea, necesită izolarea unei cantități suficiente de ADN din probă pentru a fi analizată, ceea ce este dificil în studiile criminalistice.
Figura 01: Mapare RRFLP
Care este diferența dintre AFLP și RFLP?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP implică amplificarea selectivă prin PCR a ADN-ului digerat. | RFLP nu implică PCR decât dacă este PCR-RFLP. |
| Cunoașterea secvenței | |
| Nu sunt necesare cunoștințe anterioare despre secvență. | Pentru sondele RFLP proiectate sunt necesare cunoștințe anterioare de secvență. |
| Fiabilitate | |
| Acest lucru este mai de încredere. | Acest lucru este mai puțin fiabil în comparație cu AFLP. |
| Eficiență în detectarea polimorfismului | |
| Acest lucru are o eficiență mai mare în detectarea polimorfismului decât RFLP. | Acest lucru este mai puțin eficient în comparație cu AFLP. |
| Cost | |
| Acesta este puțin scump în comparație cu RFLP. | Acest lucru este mai puțin costisitor în comparație cu AFLP. |
| Aplicații | |
| AFLP-urile au fost aplicate la cartografierea genomului, amprentarea ADN, studiile diversității genetice, testele de paternitate și criminalistica | Analiza RFLP este un instrument important în cartografierea genomului, localizarea genelor pentru tulburări genetice, determinarea riscului de boală și testarea paternității. |
Rezumat – AFLP vs RFLP
AFLP și RFLP sunt două tehnici utilizate ca markeri genetici pentru evaluarea diversității și evaluarea relațiilor genetice în biologia moleculară. AFLP servește ca o metodă eficientă și sensibilă pentru detectarea polimorfismului genetic între organisme decât RFLP. Cu toate acestea, deși ambele metode au eficiențe diferite în detectarea variațiilor genetice, ele sunt încă folosite pentru amprentarea ADN și pentru diagnosticarea bolilor.
