Diferența cheie dintre similaritate și identitate în alinierea secvenței este că asemănarea este asemănarea (asemănarea) dintre două secvențe în comparație, în timp ce identitatea este numărul de caractere care se potrivesc exact între două secvențe diferite.
Bioinformatica este un domeniu interdisciplinar al științei care implică în principal biologia moleculară și genetica, informatica, matematica și statistica. Alinierea secvenței este un termen major în bioinformatică. Este procedura în care secvențele de ADN, ARN sau proteine sunt aranjate pentru a identifica regiunile de asemănare care este o consecință a relației funcționale, structurale sau evolutive dintre secvențe. La sfârșitul alinierii, acestea vor fi prezentate ca rânduri într-o matrice. Pentru a alinia caracterele identice în coloane succesive, între reziduuri sunt prezente goluri inserate.
Ce este asemănarea?
Asemănarea în alinierea secvenței este asemănarea dintre două secvențe atunci când sunt comparate. Acest fapt depinde de identitatea secvențelor. Asemănarea descrie măsura în care reziduurile sunt aliniate. Prin urmare, secvențe similare conțin proprietăți similare. În bioinformatică, asemănarea este un instrument de evaluare a asemănării dintre două proteine.
Figura 01: Similaritate în alinierea secvenței
Există doi pași principali pentru procesul de aliniere a secvenței. Pasul inițial este alinierea perechilor, care ajută la găsirea alinierii optime între două secvențe (inclusiv goluri) folosind algoritmi precum BLAST, FastA și LALIGN. Algoritmul de potrivire găsește numărul minim de operații de editare; in-dels și substituții pentru a alinia o secvență la ceal altă secvență. După alinierea perechilor, este necesar să se obțină doi parametri cantitativi din fiecare comparație pe perechi. Sunt identitate și similitudine.
Ce este identitatea?
Identitatea în alinierea secvenței este numărul de caractere care se potrivesc exact între două secvențe diferite. Prin urmare, golurile nu sunt luate în considerare atunci când se evaluează identitatea. Măsurarea este considerată a fi relațională cu secvența mai scurtă dintre cele două secvențe. Aceasta implică în mod semnificativ că are efectul în care identitatea secvenței nu este tranzitivă. Dacă X=Y și Y=Z, atunci X nu este neapărat egal cu Z. Acest lucru este dedus în funcție de măsura distanței de identitate.
Figura 02: Identitatea în alinierea secvenței
De exemplu, X are o secvență de AAGGCTT, Y are o secvență de AAGGC și Z are o secvență de AAGGCAT. Identitatea între X și Y este de 100% {5 nucleotide identice / min [lungime (X), lungime (Y)]}. Identitatea între Y și Z este, de asemenea, de 100%. Dar identitatea dintre X și Z este de doar 85% {(6 nucleotide identice / 7)}.
Care sunt asemănările dintre similitudine și identitate în alinierea secvenței?
- Atât asemănarea, cât și identitatea sunt doi termeni pe care îi folosim în alinierea secvenței.
- De asemenea, se referă la asemănarea dintre cele două secvențe.
- În plus, le exprimăm ca valoare procentuală.
Care este diferența dintre similitudine și identitate în alinierea secvenței?
Similaritatea în aliniere indică asemănarea dintre două secvențe atunci când este comparată, în timp ce identitatea în alinierea secvenței indică cantitatea de caractere care se potrivesc exact între două secvențe diferite. Prin urmare, aceasta este diferența cheie dintre similaritate și identitate în alinierea secvenței.
Rezumat – Similaritate vs identitate în alinierea secvenței
Alinierea secvenței ajută la identificarea regiunilor de asemănare în ADN, ARN sau proteine rezultate din cauza relației funcționale, structurale sau evolutive dintre secvențe. Prin urmare, asemănarea și identitatea sunt doi termeni cheie în contextul alinierii secvenței. Diferența cheie dintre acești doi termeni este că asemănarea este asemănarea dintre două secvențe în comparație, în timp ce identitatea este numărul de caractere care se potrivesc exact între două secvențe diferite. Astfel, acesta este rezumatul diferenței dintre similaritate și identitate în alinierea secvenței.
