Diferența cheie dintre contig și schelă este că un contig nu are goluri, în timp ce un schelă este format din contig și schele.
Secvențierea genomului organismelor multicelulare este foarte dificilă în comparație cu secvențierea organismelor unicelulare. Secvențierea genomului întreg este o tehnică ușoară și rapidă de secvențiere a genomului pentru genomi multicelulari. Este o metodă care secvențiază multe fragmente de ADN care se suprapun în paralel. În această metodă, fragmentele mici sunt asamblate în fragmente mai mari și apoi în conturi mai mari folosind un computer. Apoi contigurile sunt asamblate în schele și în cele din urmă într-un cromozom. Prin urmare, contig este o întindere continuă de secvențe de nucleotide, în timp ce schela este o porțiune a genomului constând din contig și goluri. Atât contig, cât și scaffold sunt secvențe genomice reconstruite.
Ce este Contig?
Contig este o secvență genomică. Este o întindere continuă de secvențe compuse din baze A, C, G și T. Se formează prin adunarea mai multor bucăți mici de ADN care se suprapun într-o secvență mai lungă. Cu cuvinte simple, contig este un ansamblu al unui set de fragmente de secvență. Crearea contig implică identificarea fragmentelor de secvențe suprapuse pe baza metodelor locale de potrivire și aliniere a șirurilor care identifică capete suprapuse ale secvențelor.
Contigs nu au lacune. Este o parte a unei schele. Contigii sunt legați împreună când creează o schelă. Necesită informații suplimentare despre poziția relativă și orientarea contigilor în genom. Golurile separă contigs într-o schelă. Practic, asamblarea contig este un pas important în secvențierea puștilor întregi a genomului. Contigurile sunt asamblate în cele din urmă într-o secvență genomică completă. Asamblarea contig necesită de obicei înțelegerea algoritmilor de potrivire a șirurilor și alinierea secvenței.
Ce este o schelă?
O schelă este o secvență genomică reconstruită din clone de pușcă cu întreg genom secvențial la final. Din punct de vedere structural, o schelă este formată din contigs și goluri. Prin urmare, schelele sunt create prin înlănțuirea contig-urilor împreună și separarea lor prin goluri. Crearea schelei necesită informații cu privire la poziția relativă și orientarea contigilor în genom. Ansamblul pușcă cu întreg genom urmărește reprezentarea fiecărei secvențe genomice într-o singură schelă. Dar, nu este chiar posibil. Prin urmare, un cromozom poate fi reprezentat de mai multe schele. Uneori, schelele se pot suprapune. În plus, unele schele pot fi filtrate în timpul asamblarii.
Figura 02: Prezentare de ansamblu asupra ansamblului puștilor cu tot genomul
Lungimea unui spațiu de schelă nu arată lungimea sa reală. În general, golurile sunt setate în mod arbitrar la anumite lungimi fixe. Prin urmare, aceste lacune și incertitudini în lungimea lor creează probleme în înțelegerea adevăratelor relații spațiale ale elementelor funcționale din genom și amploarea reală a informațiilor lipsă. Uneori, golurile reprezintă lipsa informațiilor genomice.
Care sunt asemănările dintre Contig și Scaffold?
- Contig și scaffold sunt secvențe genomice compuse din secvențe de nucleotide.
- Eschelele sunt compuse din contigs și goluri.
Care este diferența dintre Contig și Scaffold?
Un contig este o secvență continuă asamblată dintr-un set de fragmente de secvență. În schimb, o schelă este o porțiune a secvenței genomice reconstruită prin înlănțuirea contigilor împreună. Deci, aceasta este diferența cheie dintre contig și schelă. În plus, contigs nu au goluri, în timp ce contigs dintr-o schelă sunt separate prin goluri.
Mai jos infograficul prezintă mai multe diferențe între contig și schelă.
Rezumat – Contig vs Scaffold
Atât contig, cât și scaffold sunt secvențe de nucleotide reconstruite în proiecte de secvențiere a întregului genom. Contig este o întindere continuă de secvență genomică care conține baze A, C, G și T fără goluri. Schela este o secvență genomică constă din contigs și lacune. Prin urmare, cele mai scurte componente de asamblare sunt contig-uri, în timp ce schelele sunt ansambluri de contig-uri. În cele din urmă, schelele sunt asamblate în cromozomi în secvențierea întregului genom. Astfel, aceasta rezumă diferența dintre contig și schelă.
