Diferența cheie – Ligare la capătul contondent vs lipicios
Endonucleazele de restricție sunt enzime specifice care taie ADN-ul dublu catenar (dsDNA). Sunt cunoscute și ca foarfece moleculare în biologia moleculară. Enzimele de restricție sunt capabile să recunoască secvențe scurte specifice ale dsDNA cunoscute sub numele de situsuri de recunoaștere și scindează legăturile fosfodiester și hidrogen pentru a deschide catenele duble. Ca rezultat al scindării de către aceste enzime, fragmentele de ADN sunt produse cu diferite tipuri de capete, cum ar fi capete lipicioase și capete contondente. ADN-ligaza este o enzimă folosită în biologia moleculară pentru a uni două catene adiacente de ADN prin formarea de noi legături. Etapa este cunoscută sub denumirea de ligatură și, în funcție de tipul de capăt al ADN-ului ligat, ele pot fi denumite ligatură de capăt contondent și ligatură de capăt lipicios. Diferența cheie dintre ligatura la capătul contondent și cel lipicios este că ligatura la capătul contondent are loc între fragmentele de ADN care conțin două capete contondente, în timp ce ligatura la capătul lipicios are loc între 5’ și 3’. În comparație cu ligatura la capătul contondent, legarea la capătul lipicios este mai eficientă și mai stabilă.
Ce este o ligatură de capăt contondent?
Unele endonucleaze de restricție pot tăia ADN-ul la bazele opuse și pot produce fragmente de ADN cu capătul tocit. Aceste enzime sunt cunoscute sub denumirea de tăietori de capăt tocit; ele se desprind direct până la mijlocul locului de restricție fără a lăsa baze monocatenare. Capetele contondente sunt cunoscute și sub denumirea de capete care nu se contopesc, deoarece nu au baze de 3’ și 5’ la capete. Ambele fire se termină din perechi de baze în capete contondente. Enzimele obișnuite de tăiere la capătul tocit sunt EcoRV HaeIII, AluI și SmaI.
Ligarea capetelor contondente este implicată între două capete contondente. Nu este o ligatură a bazelor proeminente. Această ligatură este mai puțin eficientă decât ligatura la capătul lipicios. Cu toate acestea, în unele ocazii, ligatura la capătul contondent devine mai avantajoasă decât ligatura la capătul lipicios, în special atunci când se ligează produse PCR. Produsele PCR sunt întotdeauna produse cu capete contondente. Ligarea capătului tocit nu necesită capete complementare din ADN pentru ligatură.
Figura 01: Producția finală contonată de către enzima Eco RV
Ce este o ligatură de capăt lipicios?
Unele endonucleaze de restricție sunt capabile să taie dsDNA, lăsând o bucată de ADN monocatenar la sfârșit. Aceste capete sunt cunoscute sub denumirea de capete lipicioase sau în surplus. Ligarea capătului lipicios are loc între două fragmente de ADN care conțin proeminențe potrivite deoarece capetele lipicioase sunt posedate cu baze nepereche și necesită baze complementare pentru a forma legături. Prin urmare, este necesar să se folosească aceeași enzimă de restricție pentru ambele surse de ADN pentru a produce fragmentele de ligare potrivite.
Ligarea capătului lipicios este mai eficientă și este adesea foarte de dorit în procesele de clonare. Există mai multe enzime de restricție care produc capete lipicioase. Sunt EcoRI, BamHI, HindIII etc.
Figura 02: Producția finală lipicioasă de către enzima Eco RI
Care este diferența dintre ligatura la capătul contondent și lipicios?
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Ligarea la capătul contondent are loc între două fragmente de ADN cu capătul tocit. | Legarea capătului lipicios are loc între două fragmente de ADN care se potrivesc cu capete lipicioase. |
| enzime | |
| Dispozitivele de tăiere cu capete tocite produc capete tocite. | Dispozitivele de tăiere cu capete lipicioase produc capete lipicioase sau lipite. |
| Cerința de potrivire se încheie | |
| Nu necesită fragmente de potrivire sau baze complementare. | Este nevoie de baze complementare la capete pentru a forma perechi de baze. |
| Eficiență | |
| Este mai puțin eficient decât legarea lipicioasă la capăt | Este mai eficient decât legarea la capătul contondent. |
Rezumat – Ligare la capătul contondent vs lipicios
Endonucleazele de restricție sunt capabile să scinda dsDNA și să producă fragmente de ADN cu capete diferite. Ei recunosc secvențe specifice și restricționează ADN-ul creând capete lipicioase și contondente. Capetele lipicioase au baze nepereche la capătul fragmentelor. Capetele contondente sunt create datorită unui clivaj drept și au perechi de baze la capete. Ligarea capătului lipicios necesită două bucăți complementare de ADN monocatenar. Ligarea capătului tocit are loc între oricare două fragmente de capăt tocit. Aceasta este diferența dintre ligatura contondită și lipicioasă.
