Diferența cheie – Pagina SDS vs Pagina nativă
SDS și pagina nativă sunt două tipuri de tehnici de electroforeză pe gel de poliacrilamidă utilizate în biologia moleculară. Diferența cheie dintre Pagina SDS și Pagina Nativă este tipul de gel de poliacrilamidă utilizat. În SDS Page este utilizat un gel denaturant, prin urmare, moleculele sunt separate în funcție de greutatea lor moleculară. În schimb, în Native Page se folosesc geluri nedenaturante. Prin urmare, moleculele sunt separate în funcție de dimensiunea, sarcina și forma lor.
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (Pagina) folosește un gel obținut prin polimerizarea monomerilor de acrilamidă cu metilen bisacrilamidă. Poliacrilamida este mai dura și mai stabilă la căldură decât agaroza. Gelurile de poliacrilamidă au o dimensiune mai mică a porilor care permite separarea eficientă a proteinelor. Există două tipuri principale de configurații de pagină și anume Pagina SDS și Pagina nativă. Pagina SDS sau electroforeza pe gel de poliacrilamidă cu sulfat de sodiu-dodecil separă proteinele pe baza greutăților lor moleculare. Gelurile denaturante sunt utilizate în pagina SDS. Native Page folosește geluri nedenaturante și separă proteinele în funcție de dimensiunea, încărcarea și forma lor (conformație 3D).
Ce este pagina SDS?
Pagina SDS este cea mai comună tehnică electroforetică utilizată pentru a separa proteinele în funcție de greutatea lor moleculară. Gelul se face prin adăugarea de SDS (dodecil sulfat de sodiu), care este un detergent. SDS protezează proteinele în monomeri. SDS este un detergent anionic. Prin urmare, adaugă o sarcină negativă netă proteinelor într-un interval larg de pH. Atunci când sarcina negativă netă este conferită moleculelor de proteine, datorită variației sarcinii, structurile complexe sunt defalcate. Datorită sarcinii negative, proteinele se atrag spre capătul pozitiv. Astfel, moleculele cu greutate moleculară mai mică călătoresc mai repede pe matricea de gel și pot fi observate aproape de anod, în timp ce proteinele cu greutate moleculară mai mare sunt observate mai aproape de godeuri.
Figura 01: Pagina SDS
Legarea SDS la lanțul polipeptidic este proporțională cu masa sa moleculară relativă. Prin urmare, masa moleculară poate fi determinată și prin intermediul paginii SDS. Colorarea gelurilor SDS Page se face prin colorare cu albastru de bromofenol. Aplicațiile paginii SDS variază într-o măsură mai mare, unde poate fi utilizată pentru a estima masa moleculară relativă și pentru a determina abundența relativă a proteinelor într-un amestec de proteine. Pagina SDS poate fi folosită și pentru a determina distribuția proteinelor într-un amestec de proteine. SDS Page se aplică și pentru purificarea și evaluarea proteinelor. Este folosit ca procedură preliminară pentru western blotting și hibridizare, care, la rândul său, este folosită pentru cartografierea și identificarea proteinelor.
Ce este pagina nativă?
Electroforeza pe gel de poliacrilamidă nativă (Pagina nativă) folosește un gel nedenaturant. Prin urmare, SDS sau orice alt agent de denaturare nu este adăugat la matricea de gel. În Native Page, separarea proteinelor se bazează pe sarcina și dimensiunea proteinei. Prin urmare, mobilitatea proteinei depinde de sarcina și dimensiunea proteinei.
Încărcarea proteinei depinde de lanțurile laterale ale aminoacizilor. Dacă lanțurile laterale sunt încărcate negativ, proteina va primi o sarcină negativă generală și invers. Proteinele păstrează o conformație 3D datorită plierii care are loc. Plierea rezultă din mai multe tipuri de legături din proteine, cum ar fi legăturile disulfură, interacțiunile hidrofobe și legăturile de hidrogen. Prin urmare, dacă pagina nativă este purtată la un pH neutru, proteinele vor fi separate în funcție de forma moleculară a proteinei. Prin urmare, Native Page poate fi folosită ca tehnică sensibilă pentru a detecta modificarea sarcinii sau conformației proteinei.
Principalul avantaj al paginii native este că proteina utilizată pentru analiza paginii poate fi recuperată în starea inițială după analiza paginii, deoarece proteina nu este perturbată în timpul procesului. Pagina nativă este o tehnică de debit relativ mare, iar stabilitatea proteinei este crescută.
Figura 02: Pagina nativă
La terminarea testului de gel, gelul Native Page poate fi vizualizat prin colorare cu albastru de bromofenol sau orice alt reactiv de colorare adecvat. Aplicațiile Native Page includ separarea proteinelor acide, inclusiv glicoproteinele cum ar fi eritropoietina recombinantă umană sau identificarea proteinelor prezente în albumina serică bovină (BSA).
Care sunt asemănările dintre pagina SDS și pagina nativă?
- Atât sistemele SDS Page, cât și cele Native Page folosesc gel de poliacrilamidă ca matrice a gelului.
- Ambele sunt folosite pentru separarea și identificarea proteinelor.
- Ambele folosesc mobilitatea electroforetică pentru a separa compușii.
- Ambele pot fi realizate într-o manieră verticală sau orizontală (mai ales ca setări de pagină verticale, deoarece lungimea rulării este mai mare).
- Aparatul de electroforeză, inclusiv rezervorul de gel, piepteni, sursa de alimentare este necesar pentru funcționarea ambelor tehnici.
- Vizualizarea gelului se poate face prin metode de colorare în ambele tehnici.
Care este diferența dintre pagina SDS și pagina nativă?
Pagină SDS vs pagina nativă |
|
| Pagina SDS sau Pagina de sodiu-dodecil sulfat separă proteinele în funcție de greutatea lor moleculară și utilizează un gel denaturant. | Pagina nativă folosește geluri nedenaturante și separă proteinele în funcție de dimensiunea, încărcarea și forma lor (conformație 3D). |
| Tip de gel | |
| În pagina SDS este folosit un gel denaturant. | În pagina nativă este folosit un gel non-denaturant. |
| Prezența SDS | |
| SDS este prezent ca detergent pentru a transmite o sarcină negativă probei din pagina SDS. | SDS nu este prezent în pagina nativă. |
| Baza de separare | |
| Separarea proteinelor depinde de greutatea moleculară a proteinei din pagina SDS. | Separarea depinde de dimensiunea și forma moleculei de proteină din pagina nativă. |
| Stabilitatea proteinei | |
| Stabilitatea proteinei este scăzută în pagina SDS. | Stabilitatea proteinei este ridicată în pagina nativă. |
| Recuperarea proteinei originale | |
| Nu este posibil, deoarece este denaturat în pagina SDS. | Posibil pe pagina nativă. |
Rezumat – Pagina SDS vs Pagina nativă
SDS Page și Native Page sunt două tipuri de tehnici de electroforeză pe gel de poliacrilamidă utilizate pentru a separa proteinele. SDS Page este tratată cu un detergent numit SDS. SDS conferă o sarcină negativă globală proteinei, ceea ce duce apoi la denaturarea proteinei. Prin urmare, proteinele sunt separate în funcție de greutatea lor moleculară. În schimb, tehnica Native Page nu folosește niciun agent de denaturare. Astfel, proteinele sunt fie separate în funcție de dimensiunea lor, fie de formă. Aceasta este diferența dintre pagina SDS și pagina nativă.
