Diferența cheie dintre BLAST și FastA este că BLAST este un instrument de aliniere de bază disponibil pe site-ul web al Centrului Național pentru Informații Biotehnologice, în timp ce FastA este un instrument de căutare a similarităților disponibil pe site-ul Institutului European de Bioinformatică.
BLAST și FastA sunt două programe care sunt utilizate pe scară largă pentru a compara secvențele biologice de ADN, aminoacizi, proteine și nucleotide ale diferitelor specii și pentru a căuta asemănările acestora. Acești algoritmi au fost scrisi ținând cont de viteza. Pentru că, atunci când oamenii de știință au reușit să izoleze ADN-ul în laborator la mijlocul anilor 1980, a apărut nevoia de a compara și de a găsi gene identice pentru cercetări ulterioare la viteză mare. Prin urmare, aceste două software-uri au fost dezvoltate într-un mod în care utilizatorul poate face o căutare rapidă a secvențelor similare cu cea a secvențelor lor de interogare.
BLAST este un acronim pentru Instrumentul de căutare de aliniere locală de bază și utilizează abordarea localizată în compararea celor două secvențe. FastA este un software care se referă la Fast A unde A înseamnă All. Aici, software-ul funcționează cu alfabete precum Fast A pentru secvențierea ADN și Fast P pentru proteine. Atât BLAST, cât și FastA sunt foarte rapide în compararea oricărei baze de date a genomului și, prin urmare, sunt foarte viabile din punct de vedere monetar, precum și în ceea ce privește economisirea de timp.
Ce este BLAST?
BLAST este unul dintre cele mai utilizate programe de bioinformatică care a fost dezvoltat în 1990. De atunci, este disponibil pentru toată lumea pe site-ul NCBI. În plus, orice persoană poate accesa acest software și îl poate folosi. Mai mult, BLAST este un software care necesită date de intrare sau secvențe în format FastA. Dar, oferă date de ieșire în format text simplu, HTML sau XML. BLAST funcționează pe principiul căutării asemănărilor localizate între două secvențe și a unei liste scurte a secvențelor similare, iar după aceea, caută asemănări de vecinătate.
Figura 01: Rezultate BLAST
Astfel, acest software caută un număr mare de regiuni locale similare și oferă rezultatul la atingerea unei valori de prag. Cu toate acestea, acest proces diferă de software-ul anterior, care caută mai întâi întreaga secvență și apoi face comparația și, prin urmare, a durat mult.
În afară de verificarea similarității de mai sus, BLAST are multe alte utilizări, cum ar fi maparea ADN-ului, compararea a două gene identice din specii diferite, crearea unui arbore filogenetic etc.
Ce este FastA?
FastA este un software de aliniere a secvenței de proteine. David J. Lipman și William R. Pearson au descris acest software în 1985. Deși utilizarea inițială a acestui software a fost de a compara numai secvențele de proteine, versiunea modificată a acestuia a putut compara și secvențele de ADN. Aici, acest software folosește principiul de a găsi similaritatea dintre două secvențe statistic. Se potrivește o secvență a ADN-ului sau a proteinei cu o altă secvență prin metoda de aliniere a secvenței locale.
Figura 02: FastA
Cu toate acestea, caută regiuni locale pentru asemănare, dar nu cea mai bună potrivire între două secvențe. Deoarece acest software compară uneori asemănări localizate, poate veni și cu nepotriviri. Într-o secvență, FastA preia o mică parte cunoscută sub numele de k-tupluri, unde tuplurile pot fi de la 1 la 6 și se potrivesc cu k-tuplurile celeil alte secvențe. La sfârșitul procesului de potrivire, când atinge o valoare de prag, produce rezultatul.
Care sunt asemănările dintre BLAST și FastA?
- BLAST și FastA sunt instrumente bioinformatice utilizate pentru a compara secvențele de proteine și de ADN pentru asemănări.
- De asemenea, ambele programe folosesc o strategie de notare pentru a face comparații între secvențe.
- În plus, ambele instrumente produc rezultate foarte precise.
Care este diferența dintre BLAST și FastA?
BLAST este un instrument pentru a verifica asemănarea dintre secvențele biologice. Pe de altă parte, FastA este un alt program care facilitează verificarea asemănării secvențelor de proteine și ADN. Cu toate acestea, în comparație cu FastA, software-ul BLAST este foarte popular, deoarece produce rezultate mai precise și mai rapide. Prin urmare, aceasta este diferența dintre BLAST și FastA. În plus, spre deosebire de FastA, programul BLAST este modificabil în funcție de nevoia utilizatorului. Prin urmare, aceasta este o altă diferență între BLAST și FastA.
Infograficul de mai jos despre diferența dintre BLAST și FastA oferă mai multe detalii.
Rezumat – BLAST vs FastA
BLAST și FastA sunt două programe care permit utilizatorului să compare secvența sa de interogări cu secvențele din bazele de date existente și să verifice asemănările. Scopul inițial al FastA a fost de a compara numai secvențe de proteine. Dar, versiunea modificată a acestui software facilitează atât comparațiile dintre proteine, cât și secvențe ADN. Deși FastA este un software bun, majoritatea oamenilor folosesc instrumentul de aliniere BLAST, deoarece este mai popular și produce rezultate mai precise și mai rapide decât FastA. De asemenea, instrumentul BLAST este modificabil în funcție de cerințele utilizatorului. Pe scurt, aceasta rezumă diferența dintre BLAST și FastA.
