Diferența cheie – Sondă vs Primer
Sonda moleculară este un fragment mic de ADN sau ARN care recunoaște secvențele complementare în ADN sau ARN și permite identificarea secvenței țintă. Primerul este o mică întindere de ADN sau ARN care servește ca punct de plecare pentru sinteza ADN-ului. Primerii și sondele hibridizează cu nucleotidele complementare ale ADN-ului șablon sau ADN-ului țintă. Cu toate acestea, diferența cheie dintre sondă și primer este că primerii sunt necesari pentru replicarea ADN-ului, în timp ce sondele sunt necesare pentru detectarea secvențelor specifice din proba de ADN.
Ce este o sondă?
Sonda este un fragment mic de ADN sau ARN utilizat pentru a detecta ADN-ul sau ARN-ul țintă din probă prin hibridizare moleculară. Sunt cunoscuți și ca markeri moleculari. Lungimea sondei poate varia (100 până la 1000 baze), iar nucleotidele sondei sunt complementare părții din secvența țintă. Pentru ușurința detectării, sondele sunt marcate cu izotopi radioactivi sau cu coloranți sau anticorpi fluorescenți. Sondele se leagă de bazele complementare ale secvenței țintă și dezvăluie prezența ADN-ului sau ARN-ului țintă în probă. Există două metode principale de etichetare a sondelor: etichetarea finală și translatarea poreclei. Sondele sunt clasificate în diferite tipuri, inclusiv sonde ADN, sonde ARN, sonde ADNc și sonde oligonucleotide sintetice și sunt preparate folosind diferite tehnici.
Sondele sunt instrumente importante în multe domenii microbiene și moleculare, cum ar fi virologie, patologia criminalistică, testarea paternității, amprentarea ADN, detectarea bolilor genetice, RFLP, citogenetica moleculară, hibridizarea in situ etc.
Figura 01: Sondă marcată fluorescent utilizată în FISH pentru detectarea agenților patogeni
Ce este un primer?
Primer este un fragment scurt de ADN sau ARN care servește ca inițiator pentru sinteza ADN. Enzima ADN polimerază adaugă nucleotide la grupul 3’ OH al secvenței primerului și sintetizează noua catenă complementară ADN-ului șablon. Primerii sunt fragmente foarte scurte cu lungimea de 18 până la 20 de nucleotide. Sunt sintetizate chimic în laborator pentru amplificarea ADN in vitro (PCR). Primerii pot avea orice secvență de nucleotide, deoarece sunt proiectați de utilizator. Ele sunt sintetizate pentru a se potrivi cu bazele complementare ale ADN-ului șablon. Prin urmare, poate avea orice secvență de nucleotide. Primerii sunt de cea mai mare importanță pentru replicarea ADN-ului, deoarece ADN polimeraza nu poate sintetiza ADN nou fără o bucată de ADN preexistentă. La proiectarea primerilor pentru PCR, trebuie luate în considerare următoarele lucruri:
- Primerii ar trebui să conțină nucleotidele complementare la capătul de flancare al ADN-ului care dorește să se amplifice.
- Grundurile ar trebui să aibă o temperatură de topire între 55 – 65 0C
- Conținutul G și C ar trebui să fie între 50 și 60%.
Doi primeri sunt utilizați în PCR ca înainte și invers pentru a replica ambele catene ale probei de ADN. Primerii sunt utilizați în mod obișnuit pentru a efectua secvențierea PCR și ADN.
Figura 02: Recoacere primer în PCR
Care este diferența dintre sondă și amorsare?
Probe vs Primer |
|
| Sonda este un mic fragment de ADN/ARN folosit pentru a detecta prezența secvenței țintă într-o probă prin hibridizare moleculară. | Primer este o mică întindere de ADN sau ARN care servește ca punct de plecare pentru replicarea ADN-ului. |
| Funcție | |
| Acesta detectează prezența unei secvențe specifice în proba de ADN sau ARN. | Acesta acționează ca un punct de plecare pentru sinteza ADN. |
| Lungime | |
| Lungimea poate fi în intervalul 100 – 1000 de baze | Lungimea este în general de aproximativ 18 – 20 de baze |
| Legarea cu secvența complementară | |
| Sonda hibridizează cu bazele complementare ale secvenței țintă | Recoace de amors cu bazele complementare ale catenelor de ADN. |
| Etichetare | |
| Probele sunt etichetate pentru ușurința de detectare | Primele nu sunt, în general, etichetate |
| Utilizare în PCR | |
| Probele nu sunt utilizate în PCR | Primele sunt utilizate în PCR |
Rezumat – Sondă vs Primer
Probe este un fragment mic de secvență de ADN sau ARN care poate fi hibridizat cu nucleotide complementare pentru a detecta o secvență țintă în probă. Sondele sunt marcate radioactiv, imunologic sau fluorescent pentru a vedea prezența secvenței țintă. Primerul este un fragment ADN sau ARN foarte mic care acționează ca punct de plecare pentru amplificarea ADN in vitro. ADN polimeraza identifică primerul grupului 3’ OH și inițiază construirea unei noi catene complementare șablonului. Sondele și primerii funcționează în mod similar prin hibridizarea cu nucleotide complementare. Astfel, diferența cheie dintre sondă și primer este funcția lor principală.
