Diferența cheie dintre metagenomică și metatranscriptomică se bazează pe tipul de biomolecule studiate în fiecare zonă. Metagenomica studiază ADN-ul, secvențele sale și comportamentul său în organisme, în timp ce metatranscriptomica studiază ADN-ul transcris, în principal secvențele de ARNm și comportamentul său în organisme.
Metagenomica și metatranscriptomica sunt două domenii care au câștigat multă popularitate de-a lungul anilor în raport cu comunitatea microbiană. Ele sunt importante în îngrijirea sănătății, industrie și biotehnologia agricolă. Atât metagenomica, cât și metatranscriptomica permit studiul organismelor individuale dintr-o comunitate și rolurile lor funcționale care sunt fie benefice, fie dăunătoare.
Ce este Metagenomica?
Metagenomica este domeniul de studiu care explorează acidul dezoxiribonucleic (ADN). Este cel mai relevant pentru comunitatea microbiană. De asemenea, este un domeniu mai avansat în comparație cu genomica. În genomică, are loc analiza ADN-ului unui anumit organisme. Cu toate acestea, metagenomica implică analiza materialului genetic dintr-o comunitate de organisme. Astfel, acest lucru permite studierea comportamentului unei comunități de organisme legate de o condiție sau un mediu.
Figura 01: Metagenomica
Tehnica principală implicată în studiile metagenomice este Next Generation Sequencing (NGS) care utilizează tehnologia micro-array. Metodele NGS pot analiza mai multe organisme într-o singură reacție pentru prezența sau absența unor secvențe specifice de ADN. Aceste secvențe de ADN pot fi responsabile pentru o singură boală sau o stare de mediu. Prin urmare, folosind cunoștințele metagenomice, screening-ul organismelor se poate face ușor și precis. Secvențierea în timpul NGS are loc în citiri scurte și are loc profilarea ADN-ului organismelor. Secvența de ADN 16s este o secvență populară studiată în metagenomică cu privire la microorganisme.
Urmând secvențierea comunității de organisme, alinierea secvențelor ar trebui făcută. Instrumente precum instrumentul Basic Local Alignment Sequence (BLAST) sunt folosite pentru a îndeplini sarcina de aliniere. În urma alinierii, un arbore filogenetic oferă relația fiecărui organism din comunitate și detalii cu privire la comportamentul acestuia.
Ce este metatranscriptomica?
Metatranscriptomica este domeniul de studiu care se ocupă cu transcriptomul unui organism. Transcriptomul constituie toate secvențele de ARN transcrise în timpul transcripției ADN. Secvențele de ARNm prezente în transcriptom oferă informații despre expresia genetică. Metatranscriptomica este analiza mai multor transcriptoame din populații sau comunități.
Figura 02: Analiza transcriptomului
Studiile de metatranscriptomics folosesc, de asemenea, tehnologii de microarray pentru a găsi secvențele secvențelor scurte de citit. Mai mult, metatranscriptomica implică, de asemenea, o analiză bioinformatică aprofundată folosind instrumente de aliniere și metode de proiectare a arborilor. Cu toate acestea, domeniul metatranscriptomiei este mult mai greu în comparație cu metagenomicii. Extragerea ARNm sau a ARN-ului în ansamblu nu este atât de ușoară pe cât pare a fi. Deoarece ARN-ul este foarte predispus la distrugere și are un timp de viață foarte scurt, întreținerea și stocarea acestora ar putea fi o posibilă întrebare.
Care sunt asemănările dintre metagenomică și metatranscriptomică?
- Metagenomica și metatranscriptomica sunt tehnici de mare capacitate pentru a analiza comunități de organisme, în principal comunități microbiene.
- Ambele tehnici folosesc tehnologia microarray pentru a deduce constatările.
- Rezultatele obținute sunt adesea analizate folosind alinierea BLAST și arbori filogenetici.
- În plus, ambele tehnici nu se concentrează pe un singur organism, ci pe un grup sau pe un organism comunitar.
- În plus, ambele concepte sunt, de asemenea, studiate mai ales în legătură cu microbii – motivul principal fiind rolurile lor diverse.
Care este diferența dintre metagenomică și metatranscriptomică?
Metagenomica și Metatranscriptomica implică analiza materiei genetice într-o comunitate de organisme. Astfel, metagenomica se referă la modelele și secvențele ADN-ului, în timp ce metatranscriptomica se referă la analiza ARNm sau ADN-ul transcris. Deci, aceasta este diferența cheie dintre metagenomică și metatranscriptomică.
Mai mult, procedura de extracție diferă în ambele tehnici; metagenomica implică proceduri de extracție a ADN-ului, iar metatranscriptomica implică proceduri de extracție a ARN. Prin urmare, aceasta este și o diferență semnificativă între metagenomică și metatranscriptomică.
Infografia de mai jos rezumă diferența dintre metagenomică și metatranscriptomică:
Rezumat – Metagenomics vs Metatranscriptomics
Metagenomica și metatranscriptomica sunt domenii noi de studiu care analizează o comunitate de organisme pentru o anumită afecțiune. Astfel, metagenomica se referă la analiza secvențelor de ADN. În schimb, metatranscriptomica se referă la analiza secvențelor de ARN sau a produselor ADN transcrise. În acest sens, metatranscriptomica permite identificarea expresiei genelor pentru un anumit caz. Ambele sunt importante în analiza mutațiilor și a efectelor acestora. Acestea sunt tehnici rapide și mai fiabile utilizate în diagnosticarea prealabilă. Astfel, acesta este rezumatul diferenței dintre metagenomică și metatranscriptomică.
