Diferența cheie dintre primerii aleatori și oligo dT este că primerul aleatoriu este un amestec de toate secvențele posibile de oligonucleotide hexamerice, în timp ce primerul oligo dT constă dintr-o întindere monocatenar de 12-18 deoxitimidine.
Transcripția inversă este un mecanism prin care ADNc poate fi sintetizat folosind ARNm sau orice specie de ARN. Pentru a produce ADNc, trebuie furnizate enzima transcriptază inversă și alte componente necesare, în special șablon și primeri. Primerii sunt secvențe scurte de ADN concepute special pentru amplificarea secvențelor țintă. Primerii aleatori și primerii oligo dT sunt două tipuri comune de primeri utilizați în transcrierea inversă. Prin urmare, primerul aleatoriu sau primerul oligo dT sunt secvențe scurte de oligonucleotide ADN necesare pentru transcriptaza inversă pentru a iniția transcripția inversă. În funcție de șablonul ARN, primerul potrivit poate fi selectat dintre aceste două tipuri de primer.
Ce sunt amorsele aleatorii?
Primer aleatoriu este un amestec de oligonucleotide care reprezintă toate secvențele hexamerice posibile. Secvența primerului de primer aleatoriu este de 5’ – d (NNNNNN) –3’ N=G, A, T sau C. Prin urmare, primeri aleatori pot fi utilizați pentru amplificarea ADN-ului sau ARN monocatenar prin ADN polimerază sau revers transcriptază, respectiv. În plus, amestecul de primeri aleatoriu este capabil să amplifice toate regiunile ARN-ului pentru a genera cADN. Astfel, produce diverse lungimi de ADNc.
Figura 01: Primere aleatorii
Cel mai important, amestecul de grund aleatoriu nu prezintă specificitatea șablonului. Este incapabil să distingă ARNm de alte specii de ARN. Și, se recoacă cu orice specie de ARN din probă. Cu toate acestea, amestecul de primeri aleatoriu este potrivit pentru transcrierea inversă a ARN-urilor fără cozi poli(A), cum ar fi ARNr, ARNt, ARN necodificatori, ARN-uri mici, ARNm procariot etc., ARN degradat și ARN cu structuri secundare cunoscute.
Ce este Oligo dT?
Primerul Oligo dT este o întindere de 12 – 18 deoxitimină (dT). Secvența primerului poate fi reprezentată ca 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Este utilizat pentru producerea de cADN din ARNm care conține coada poli(A). Practic, acţionează ca un primer pentru reacţia catalizată de transcriptază inversă. În timpul transcripției inverse, primerul oligo dT se alipește cu coada poliadenilata care se găsește la capătul 3’ al majorității ARNm eucariote și începe procesul.
Figura 02: Transcriere inversă folosind Oligo dT Primer
Spre deosebire de primerul aleatoriu, primerul oligo dT nu este potrivit pentru ARN sau ARN degradat care nu are cozi poli(A), inclusiv ARN procariot și microARN.
Care sunt asemănările dintre primerii aleatoriu și Oligo dT?
- Primul aleatoriu și primerul oligo dT sunt două tipuri de primeri care sunt utilizați în transcrierea inversă și pentru a produce ADNc.
- Folosirea primerului aleatoriu și primerului oligo dT împreună crește sensibilitatea sintezei ADNc.
- Sunt secvențe de nucleotide scurte monocatenar.
Care este diferența dintre amorse aleatorii și Oligo dT?
Primer aleatoriu este o secvență scurtă de oligonucleotide compusă dintr-o secvență aleatorie. Între timp, primerul oligo dT este o catenă scurtă compusă din 12 până la 18 deoxitimidine. Deci, aceasta este diferența cheie dintre primeri aleatori și oligo dT. Secvența primerului aleatoriu este 5’ – d (NNNNNN) –3’ N=G, A, T sau C. În timp ce, secvența primerului oligo dT este 5’-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3’. Prin urmare, putem considera aceasta ca o altă diferență între primeri aleatori și oligo dT.
În plus, primerii aleatori nu prezintă specificitate pentru șablon și se recoacă cu orice specie de ARN, în timp ce primerii oligo dT prezintă specificitate pentru cozile poli(A) ale ARNm eucariot.
Infografia de mai jos rezumă diferența dintre primeri aleatori și oligo dT.
Rezumat – Primeri aleatoriu vs Oligo dT
Primul aleatoriu și primerul oligo dT sunt două tipuri de primeri utilizați în sinteza ADNc. Primerul aleatoriu constă dintr-un amestec de oligonucleotide, reprezentând toate secvențele hexamerice posibile, în timp ce primerul oligo dT este o secvență monocatenară de 12 până la 18 deoxitimidine. Deci, aceasta este diferența cheie dintre primeri aleatori și oligo dT. În plus, primerii oligo dT sunt utili pentru transcrierea inversă de lungime completă a ARN-ului cu coadă poli(A), în timp ce primerii aleatori sunt utili pentru transcrierea inversă a majorității speciilor de ARN, inclusiv ARN degradat, ARN care nu are cozi poli(A) și ARN care conține structuri secundare. Prin urmare, primerul aleatoriu nu prezintă specificitate șablon, în timp ce primerul oligo dT prezintă specificitate față de ARNm eucariot care conține coada poli(A).
